La colección permanente de la Academia incluye obras maestras del arte español, italiano y flamenco. Los visitantes podrán disfrutar de obras como el único archiboldo conservado en España, impresionantes pinturas de Goya como El tirano y el famoso entierro de la sardina, obras de Leandro Bassano, Mengs, Ribera, Rubens, Tintoretto, Van Loo, Zurbarán y el espléndido El sueño del caballero de Pereda.

El siglo XIX está representado por los retratos de Vicente López, José de Madrazo y Federico de Madrazo, así como las obras románticas de Esquivel y los paisajes de Haes. El siglo XX merece una atención especial porque nos permite una visión del arte moderno, un recorrido que va desde Sorolla a las vanguardias actuales, pasando por el regionalismo de Sotomayor, los retratos de Vázquez Díaz y los paisajes de Benjamín Palencia y Francisco Lozano. El museo también ofrece una importante colección de moldes y esculturas que datan del siglo XVII.