La collection permanente de l’Académie comprend des chefs-d’œuvre de l’art espagnol, italien et flamand. Les visiteurs peuvent profiter d’œuvres telles que le seul archibold conservé en Espagne, d’impressionnantes peintures de Goya telles que Le Tyran et la célèbre sépulture de la sardine, des œuvres de Leandro Bassano, Mengs, Ribera, Rubens, Tintoretto, Van Loo, Zurbarán et le splendide Le rêve du gentleman de Pereda.

Le XIXe siècle est représenté par les portraits de Vicente López, José de Madrazo et Federico de Madrazo, ainsi que par les œuvres romantiques d’Esquivel et les paysages de Haes. Le XXe siècle mérite une attention particulière car il nous permet une vision de l’art moderne, un voyage qui va de Sorolla à l’avant-garde actuelle, à travers le régionalisme de Sotomayor, les portraits de Vázquez Díaz et les paysages de Benjamín Palencia et Francisco Lozano. Le musée propose également une importante collection de moulages et de sculptures datant du XVIIe siècle.